《超新星纪元》至少存在 五个版本。根据资料，这些版本包括：
第一版：
据作者刘慈欣本人回忆，这一版手稿并未公开，内容不详。
第二版：
写于1991年，与现行各版本差异较大，包括华华和小梦在火车上认识、没有眼镜和吕刚两人、大人们在两天内死亡、孩子政权交接过程突然等情节。
第三版：
内容原因未获批出版，仅在网络上有部分内容流出。
第四版：
与第五版差异仅为是否存在“中美交换国土”的情节，因此也可称为“三个半”版本之一。
第五版：
与第四版差异仅为是否存在“中美交换国土”的情节，因此也可称为“三个半”版本之一。
此外，还提到《超新星纪元》这本书在1991年至2009年间存在多个版本，主要区别在于华华和晓梦的认识过程、大人们的死亡方式以及政权的交接方式。
综上所述，《超新星纪元》至少存在五个版本，其中第四版和第五版差异较小，可视为“三个半”版本。