丁肇中对王阳明的批判态度主要体现在以下几个方面：
对“格物致知”的误解
丁肇中以现代物理学中的“格物致知”（即通过实验研究自然规律）来类比王阳明的“格物致知”，认为王阳明未真正理解其哲学内涵。他批评王阳明“从内心寻求天理”是“观念层面的概念”，而真正的“格物致知”应指对自然现象的实证研究。
哲学与科学的割裂
丁肇中强调自然科学与哲学的差异，认为王阳明的哲学思想（如“知行合一”）与自然科学方法无直接关联，甚至可能阻碍科学进步。他以“5000万美元当间谍”与“精忠报国”的选择为例，说明哲学问题无法通过实验验证。
对传统文化的贬低
文章中提到“中国传统文化中缺少对自然科学的关注”，并批评程朱理学“束缚实践”，但将王阳明心学也一并贬低为“腐朽落后”，认为其阻碍了科学发展。
历史背景的片面解读
丁肇中未充分了解王阳明心学的历史背景，例如王阳明早年曾受程朱理学影响，其思想发展也包含对传统理学的反思与突破。
争议与反思
尽管丁肇中在科学领域有显著成就，但其对王阳明的批判存在明显偏见。王阳明的心学强调“知行合一”，主张通过内心修养实现知与行的统一，对后世哲学和伦理学有重要影响。丁肇中的批评忽视了哲学对科学研究的价值，且以片面视角否定传统思想，引发学界对科学与哲学关系的进一步思考。