艾伦的爸爸在地下室 藏了大量的关于巨人的秘密。这些秘密包括巨人的诞生、种类、以及如何将普通人变成智能巨人等。具体来说，艾伦的爸爸在地下室留下了一些重要的信息和书籍，这些书籍中记载了关于巨人族的历史、科技以及他个人的经历和目的。
在剧情中，艾伦的爸爸在城墙被攻破之前，将一把钥匙交给了艾伦，并叮嘱他回到地下室。艾伦在地下室中发现了一些关于巨人秘密的笔记和书籍，这些书籍中包含了重要的信息，比如他爸爸是来自墙外的巨人族，他曾经研发出可以将普通人变成智能巨人的药物，以及他个人的遭遇和目标。
因此，可以得出结论，艾伦的爸爸在地下室中藏了关于巨人的大量秘密，这些秘密对于艾伦和他的同伴们了解真相和对抗巨人族起到了关键作用。