是的，爱莉希雅在《崩坏3》中确实喜欢舰长。这种喜欢从游戏剧情和角色互动中可以看出。
游戏剧情
在游戏剧情中，爱莉希雅对舰长的态度非常亲近和喜欢。例如，当舰长还没来得及适应光线，爱莉希雅就扑进了他的怀抱，没有羞涩，没有矜持，有的只是喜欢的心愿。
在另一个剧情中，爱莉希雅在舰长即将病入膏肓时，表现出深深的伤心和不舍，甚至愿意为了舰长打掉孩子。
角色互动
爱莉希雅对舰长的喜欢也体现在她对他的关心和照顾上。例如，当舰长抱怨工作繁多时，爱莉希雅表示会一直陪在他身边。
在一些日常互动中，爱莉希雅也会表现出对舰长的特别关心和照顾，比如在520当天，她拉着舰长的手准备离开，但被其他女武神阻止，她表示舰长应该先陪她。
综上所述，爱莉希雅对舰长的喜欢是明确且一致的，从游戏剧情和角色互动中都可以看出这一点。