在武侠小说中，不同门派的武功和实力各有特色，很难一概而论哪个门派最厉害。以下是一些主要门派的武功特点及其在小说中的表现：
少林寺
武功特点：少林派以刚猛为主，注重内功修炼，以七十二绝技和金刚不坏体等武功著称。
代表人物：扫地僧（《天龙八部》）、方证大师（《笑傲江湖》）。
武当派
武功特点：武当派以柔克刚，注重内功和心法的修炼，以太极拳和太极剑为代表。
代表人物：张三丰（《倚天屠龙记》）、张无忌（《倚天屠龙记》）。
丐帮
武功特点：丐帮武功以刚猛为主，降龙十八掌和打狗棒法是镇帮绝学。
代表人物：萧峰（《天龙八部》）、洪七公（《射雕英雄传》）。
峨眉派
武功特点：峨眉派以佛道武学为主，注重内外兼修，武功以柔克刚著称。
代表人物：周芷若（《倚天屠龙记》）。
桃花谷
武功特点：桃花谷拥有大片的AOE技能，有一定的辅助能力，适合输出和辅助角色。
华山派
武功特点：华山派以剑法著称，排山倒海是其绝技之一。
紫禁之巅
武功特点：紫禁之巅的冲灵剑法在小说中也是顶尖的剑法之一。
昆仑派
武功特点：昆仑派的龙象之力在小说中也是极为强大的力量。
从以上分析可以看出，少林寺、武当派和丐帮在金庸武侠小说中都是极为强大的门派，各有其独特的武功和代表人物。如果要在这些门派中选择一个最厉害的，可能会因小说情节和读者喜好而有所不同。例如，少林寺在《天龙八部》中表现出的刚猛无比，武当派在《倚天屠龙记》中以柔克刚，丐帮在《射雕英雄传》中以降龙十八掌和打狗棒法威震江湖。
因此，建议根据个人喜好和小说情节来选择最合适的门派。如果喜欢刚猛的武功，可以选择少林寺或丐帮；如果喜欢以柔克刚的武功，可以选择武当派；如果喜欢辅助能力，可以选择桃花谷。