当父亲节到来，而父亲已经不在了，我们可以用以下文案短句来表达对父亲的怀念和感激：
1. 父亲节到了，但您已不在，心中满是思念和感激。愿您在天堂安息，我们会永远怀念您。
2. 虽然今天父亲节，但您已离世，无法与您共度。愿您在另一个世界过得安好，我们会一直想念您。
3. 父亲节快乐!愿您在天堂里也能感受到我们的祝福和思念。
4. 您是我一生的榜样，虽然您已不在，但您的爱永远伴随着我。父亲节快乐!
5. 父亲节到了，心中满是悲痛和思念。愿您在天堂安息，我们会永远怀念您。
6. 父亲节快乐!虽然您已离世，但您的教诲和关爱将永远激励着我们。
7. 今天是我们共同的节日，但您却不在身边。愿您在天堂过得幸福，我们会永远怀念您。
8. 父亲节到了，愿您在天堂里也能感受到我们的爱和祝福。
9. 虽然您已不在，但您的精神永存。父亲节快乐!
10. 父亲节快乐!愿您在天堂里也能感受到我们的思念和祝福。
希望这些文案短句能帮助你在这个特别的日子里，表达对已故父亲的怀念和感激之情。