《醒世恒言》的版本情况如下：
叶氏刊本
日本国立公文书馆内阁文库藏本：十六册四十卷，有内封，框内右上刻“绘像古今小说”，中间大字“醒世恒言”，左下刻“金阊叶敬池梓”。全书依次为叙、目次、图像及本文，半叶十行，行二十字，有眉批及少量行侧批。图像每卷两幅，原缺卷三、卷二十一、卷三十三图，存图七十四幅。有“郭卓然镌”（卷十一）、“郭卓然刻”（卷二十）字样。1958年台湾世界书局首次影印此书，采用的是李田意教授拍摄的胶卷，当时原书所缺卷十三第二十一、二十二叶，卷二十六第十八叶，影印时用衍庆堂本配补。1987年上海古籍出版社也影印了《三言》，完全是翻印的台湾世界书局影印本。1985年日本游万井书房影印出版了《三言二拍》，其中《醒世恒言》采用的也是叶敬池本，但此时原本除了上述缺叶外，又缺失了卷二十三第三十二叶、卷三十四第三十四叶、卷三十七第五叶。
衍庆堂翻刻本
四十卷足本：存世有两种版本，一为四十卷足本，一为三十九卷本。三十九卷本系将四十卷本的卷二十三《金海陵纵欲亡身》删去，而将篇幅比较长的卷二十《张廷秀逃身救父》析为两卷（卷二十、卷二十一），又将原卷二十一改为卷二十三。
其他版本
1956年1版81年9印：竖版印，吉林省长春市绿园区百慧书屋有售。
1958年版1987年印：上海古籍出版社出版，本书所收的四十篇当中，冯梦龙自作和改写的占有相当大的比例，都是经过他整理加工的。
1985第一版1992年第五次印刷：上海古籍出版社出版，ISBN为9787224005882，豆瓣评分为9.0。
2024年度“世纪好书”3月榜入选版本：上海古籍出版社出版的《醒世恒言》（会校本），以日本国立公文书馆内阁文库藏叶敬池本为底本，部分缺叶、缺字，则以俄罗斯国立图书馆东方文献中心藏叶敬溪本补配。同时，以日本东京大学东洋文化研究所藏衍庆堂刊四十卷本、日本东京大学东洋文化研究所藏二十四卷本为校本。
综上所述，《醒世恒言》的版本情况较为复杂，目前存世的版本主要有叶氏刊本、衍庆堂翻刻本以及多个现代出版版本。其中，叶氏刊本和衍庆堂翻刻本较为珍贵，存世数量较少。现代出版版本则以会校本较为常见，内容较为完整。