《百年孤独》的主旨可归纳为以下三点，综合了文学评论与研究的核心观点：
一、孤独的宿命性
个体与群体的孤独
小说通过布恩迪亚家族七代人的命运，展现了个体在历史与时间循环中的孤独感。家族成员虽经历爱情、战争、权力斗争等人生百态，但始终无法摆脱孤独的宿命。例如，第一代何塞·阿尔卡迪奥·布恩迪亚因沉迷科学而与外界隔绝，第七代奥雷里亚诺·布恩迪亚则因战争创伤陷入疯狂。
普遍性与特殊性
孤独不仅是布恩迪亚家族的标签，更映射出拉丁美洲人民在历史进程中被边缘化的普遍境遇。小说通过魔幻现实主义手法，将个人命运与拉丁美洲的殖民历史、文化冲突交织，形成独特的文化隐喻。
二、命运的轮回与历史反思
时间循环的象征
小说反复强调“百年孤独”的循环性，暗示历史事件与家族命运的关联性。例如，马孔多从兴盛到衰败的过程，映射了拉丁美洲从殖民地到独立后的历史轮回。
对历史的批判
通过家族悲剧，马尔克斯批判了殖民主义对拉丁美洲的掠夺与文化侵略，揭示了历史进程中的非人性因素。这种批判不仅针对外部势力，也暗含对内部分裂的反思。
三、对文明与孤独的辩证思考
魔幻与现实的交融
小说采用魔幻现实主义叙事，如自动弹奏的钢琴、与死神对话等情节，模糊了现实与虚幻的界限。这种手法既表达了对传统文明的质疑，也暗示了人类在精神层面的孤独。
解脱与超越
部分研究认为，小说最终指向“与孤独和解”的主题。通过展现布恩迪亚家族无法逃脱的孤独宿命，马尔克斯促使读者思考：孤独是否为人类存在的本质，以及如何在精神层面实现自我超越。
综上，《百年孤独》以孤独为核心线索，通过家族命运与历史背景的交织，探讨了人类普遍性与特殊性的关系，以及对文明与孤独的深层反思。