“莫名其妙”与“不可思议”在语义和情感色彩上存在显著差异，具体区别如下：
一、语义侧重
莫名其妙 - 强调对事物原因、逻辑或行为的无法理解，通常带有困惑、质疑的意味，多用于描述令人费解的现象或言论。例如：
> 他的解释太莫名其妙了，完全听不懂。 - 现代汉语中也可用于褒义语境，如：
> 这部电影的剧情设计真是莫名其妙地吸引了我。2. 不可思议
- 原指事物具有神秘奥妙，现多用于形容超出想象、难以理解的情况，常带有惊奇、赞叹的成分。例如：
> 仙境般的景色令人感到不可思议。 - 在特定语境下可表达对技艺、现象的赞叹，如：
> 这位魔术师的表演真是不可思议。 二、情感色彩
莫名其妙： 中性偏贬，多用于负面评价（如言行不合常理）。 不可思议
三、使用范围
莫名其妙：侧重对“无道理”“不合逻辑”的描述，如：
> 他突然失踪了，真是莫名其妙。- 不可思议：侧重对“超乎想象”“神秘”的描述，如：
> 科学家们至今仍无法解释这种现象。 四、近义词辨析
虽然两者都有“难以理解”的含义，但因情感色彩和语境差异，严格来说不属于近义词。例如：
莫名其妙（仅表示奇怪，无根据）
不可思议（强调超乎想象）
总结：
用“莫名其妙”描述令人困惑且可能带有贬义的情况；
用“不可思议”表达对奇异、神秘事物的赞叹或惊奇。- 若需强调“无道理”，可用“莫名其其妙”。