《名侦探柯南》中黑衣组织的BOSS是 乌丸莲耶，以下是相关信息的综合说明：
身份背景
乌丸莲耶是黑衣组织的首领，拥有超过百年的寿命，是黄昏别馆的主人。他曾是二十年前大富豪，因与工藤优作有宿敌关系而成为组织头目。
角色设定
- 他以神秘身份活跃于黑衣组织，从未直接露面，仅在剧情中以剪影或暗号形式出现。
- 工藤优作称他为“日本最强大的人物”，其财富和势力远超其他组织。
剧情中的关键线索
- 在《名侦探柯南999集》中，工藤优作通过暗号和推理揭露了乌丸莲耶的身份。
- 乌丸莲耶的势力涉及政界、科学界，掌握神秘药物如APTX4869，且组织内部存在严格的等级制度。
其他猜测与争议
- 部分猜测提到工藤优作、毛利小五郎等角色可能伪装成BOSS，但这些说法未被官方证实。
- 关于乌丸莲耶的年龄和生死，存在“已死”与“未死”的争议，但动画和漫画均以他为核心谜团。
综上，乌丸莲耶是黑衣组织长期未露面的核心人物，其真实身份和目的仍是推动剧情的重要谜团。