保护公司名称的方法和措施主要包括以下几个方面：
行政程序
根据《企业名称登记管理规定》，当两个以上的企业因已登记注册的企业名称相同或者近似而发生争议时，登记主管机关按照“注册在先”原则处理。企业可以自行或委托代理机构向工商行政管理机关提交申请书、申请人的资格证明、举证材料等，工商行政管理机关受理企业名称争议后，应在6个月内作出处理。
诉讼程序
被侵权人可以直接向人民法院提起诉讼。法院可以根据原告的诉讼请求和案件具体情况，确定被告承担停止使用、规范使用等民事责任。此外，如果因企业名称不正当使用他人具有较高知名度的注册商标而构成侵权，法院可以根据具体案情判决停止使用，或者对企业名称的使用方式、使用范围作出限制。
商标权保护
如果公司名称包含已注册的商标，可能侵犯了他人的商标权。根据《中华人民共和国商标法》，商标权人可以请求停止侵权并索赔。此外，如果公司名称导致公众混淆，可能被视为不正当竞争行为，可以提起诉讼。
反不正当竞争法
如果公司名称可能导致公众混淆，可能被视为不正当竞争行为。根据《反不正当竞争法》，可以提起诉讼。
调解和协商
在某些情况下，法院可以根据当事人的请求和具体案情，调解或者判决行为人变更或停止使用该企业名称字号。
行政处罚
登记主管机关有权责令侵权人停止侵权行为，赔偿损失，并可能处以罚款等行政处罚。
确保公司名称的独特性
避免与已有公司名称相似，及时进行商标注册，增强名称的法律保护力度。定期监测其他省份的注册情况，发现同名注册及时采取法律措施。
跨省监测同名注册
对于恶意抢注行为，积极收集证据并提起诉讼。
遵守法律法规的基本要求
遵守《企业名称登记管理规定》，确保公司名称符合法律法规的要求，避免使用限制或禁止使用的词汇。
通过以上措施，企业可以有效地保护其名称权，防止他人侵犯或混淆。建议企业在命名时进行充分的市场调研和法律审查，确保名称的独特性和合法性，并及时采取法律手段保护自己的名称权。