刘裕在 公元420年废除晋帝，司马氏建立的晋朝宣告灭亡，并且对司马氏进行了残酷的清算， 将皇族司马氏悉数灭门。
刘裕出身贫寒，厌恶世族势力，因此他建立刘宋王朝后，对司马氏一族进行了无差别的屠杀，不论男女老幼，无一幸免。刘裕的这一行为在历史上备受争议，被认为是一个恶例，因为他打破了之前禅让体制中对待前朝皇族的惯例。
尽管有些资料提到刘裕并没有将司马家完全灭族，只是铲除了宗室核心人物，并且有些司马家族成员在后来仍然担任官职，但这些说法的权威性和可信度较低，不足以改变刘裕对司马氏进行残酷清算的事实。
因此，刘裕在公元420年废除晋帝后，对司马氏进行了彻底的清算，将皇族司马氏悉数灭门。